Redan som barn visade sig Martin Bucer ha läggning för studier. Eftersom familjen var fattig och inte hade råd att låta utbilda honom sökte han inträde i den intellektuella dominikanorden – ett beslut han sedan skulle ångra.
Men som munk fick han ägna sig hängivet åt teologiska studier. År 1518 läste han vid universitetet i Heidelberg när augustinmunken Martin Luther kom dit för att försvara sina kontroversiella teser om avlaten. Bucer gillade vad han hörde och lämnade snart dominikanorden för att själv börja sprida reformatorernas idéer.
Reformatorerna var eniga om att den katolska kyrkan behövde förnyas, men snart uppstod oenighet kring frågan om hur detta skulle ske. Runt om i Europa växte olika reformatoriska rörelser fram. En i Wittenberg med Luther som ledare, en i Schweiz kring Zwingli, en rörelse kring Calvin och så en rad radikala och anabaptistiska rörelser.
Denna splittring plågade Bucer och han kämpade för att försona de olika reformatorerna, i synnerhet Luther och Zwingli. Deras oenighet gällde nattvarden: Luther menade att Kristus var reellt närvarande i brödet och vinet, medan Zwingli talade om en symbolisk närvaro. Bucer försökte inte få någon av dem att ändra sig, utan ville hitta formuleringar som var tillräckligt öppna för att båda skulle kunna skriva under på dem. Att förenas i det väsentliga och se bortom skillnader i detaljer och ordval.
Flera gånger var han nära att lyckas, men varje gång tillstötte något problem. Uppgivet skrev Bucer efter ett av de misslyckade försoningsförsöken:
Om du fördömer var och en som inte tror exakt som du och hävdar att han befinner sig utanför Guds nåd, vem kan du egentligen då betrakta som en broder? Jag har för min del aldrig träffat två personer som delar uppfattningar i varje sak. Detta gäller för teologin som för allt annat.
Bucer själv verkade i Strasbourg. Han organiserade kyrkan där underifrån, genom ett nätverk av små kristna gemenskaper. Hans ekumeniska ambitioner sträckte sig även till så väl anabaptister som katoliker. År 1549 tvingades han emellertid i exil av kejsaren och flydde till England, där han dog år 1551.